Ο Ανδοκίδης κατάγονταν από ιερατικό γένος. Είχε αριστοκρατικές πεποιθήσεις και συνδέθηκε με τον Αλκιβιάδη. Το 415 π.Χ. θεωρήθηκε ότι είχε ανάμειξη στο σκάνδαλο των Ερμοκοπιδών. Γι’ αυτό φυλακίστηκε ο ίδιος, ο πατέρας του και μερικοί συγγενείς του. Κατέδωσε όμως τους ενόχους για να αποφυλακισθεί αυτός και οι συγγενείς του, αλλά η πράξη του αυτή μείωσε πολύ τη φήμη του στην Αθήνα και τελικά με ειδικό ψήφισμα καταδικάστηκε σε εξορία.
Το 403 π.Χ., που δόθηκε γενική αμνηστία, γύρισε στην Αθήνα. Το 399 π.Χ. ο Μέλητος τον κατηγόρησε για ασέβεια, ανακινώντας το παλαιό σκάνδαλο του 415 π.Χ.
Ο Ανδοκίδης απολογήθηκε με τον λόγο του Περί των μυστηρίων, που αποτελεί μία αναφορά στα γεγονότα και τα πρόσωπα της περιόδου του 415 π.Χ. Με τον λόγο του αυτόν αθωώθηκε.
